En cuanto a naturaleza, destacan el cerro de la Revilla y las lomas de Ceporrillos y Riofrío. También está el bosque de Riofrío (donde se encuentra el Palacio), y destaca por su fauna ya que se pueden observar multitud de gamos y ciervos, entre otros muchos. Desde 2009, Navas de Riofrío forma parte de la red de municipios que están comprometidos en compatibilizar las políticas municipales con la conservación del Águila Imperial, con el fin de aumentar el área de distribución de la especie así como conservar su hábitat. Está el Charcón, que actualmente está seco, pero fue una charca con agua embalsada y se dice que la gente contrajo la enfermedad del tifus a través del agua contaminada con deyecciones. También encontramos La Mata o paraje natural compuesto por fresnedos, y la Cacera, que pasa al lado de la Ermita de San Antolín y está siendo rehabilitada desde 2008. Es uno de los municipios que pertenece a la Mancomunidad Interprovincial Castellana.